Un joven ecuatoriano de 25 años de edad fue detenido la misma noche en que apareció el cuerpo de María Fernanda Niquinga, según informaron fuentes de la delegación del Gobierno, como presunto autor del homicidio. Según apuntaron las investigaciones de la Guardia Civil, la muerte se habría producido tras una discusión del detenido con la fallecida, en la que aquel habría intentado ahogarla con una bolsa de plástico, empujándola posteriormente por las escaleras.La joven estaba embarazada de ocho meses y tanto ella como el feto murieron prácticamente en el acto.
El detenido fue puesto a disposición judicial al día siguiente y prestó declaración ante el juez en los juzgados de Totana. Finalmente, fue trasladado hasta el centro penitenciario de Sangonera, donde ingresó en prisión. Según informaciones aparecidas en un medio de comunicación regional, el detenido negó ante el juez haber matado a la víctima, y aunque reconoció haber mantenido una fuerte discusión con ella la mañana del suceso, aseguró que cuando abandonó la casa María Fernanda estaba viva y que no sabía lo que ocurrió después.
Un hermano de la fallecida, Julio Niquinga, señalaba la semana pasada que estaban consternados y no podían creerse lo sucedido. Describía a su hermana como una persona de buen carácter, amable y a la que le gustaba conversar. Aclaró asimismo que entre su hermana y el detenido no existía ningún tipo de relación afectiva, como al parecer se había especulado en algunos medios de comunicación, e indicó que éste era el ex novio de otra hermana de la fallecida, con quien de hecho tenía una hija de corta edad, sobrina por tanto de María Fernanda, y que era uno de los tres pequeños que se encontraba en la casa en el momento del suceso (los otros dos niños eran un hermano de la difunta y su hija).